员工恶意毁坏公司资料怎么处理

视具体情况而定。如果因恶意毁坏公司资料给用人单位造成损失的，用人单位可要求其赔偿经济损失，同时可以解除劳动合同。劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的。
《中华人民共和国劳动法》第二十五条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的；
（四）被依法追究刑事责任的。