房产被查封,如何保障抵押权人的权益

已经抵押的房产仍然可以查封，但不影响抵押权人行使权利。
因此，有一些已设定抵押的房地产，如果担保的债权数额较大，在拍卖该房产后可能无剩余的，人民法院就不再对该房产进行查封。
已经查封的房屋不应再设定抵押。因为查封某一房产，就应当禁止对该房产进行处分。人民法院也只承认该房产在被采取查封、扣押之前已经设定的抵押权的效力。
【法律依据】《民法典》第四百二十三条　有下列情形之一的，抵押权人的债权确定：
(一)约定的债权确定期间届满;
(二)没有约定债权确定期间或者约定不明确，抵押权人或者抵押人自最高额抵押权设立之日起满二年后请求确定债权;
(三)新的债权不可能发生;
(四)抵押权人知道或者应当知道抵押财产被查封、扣押;
(五)债务人、抵押人被宣告破产或者解散;
(六)法律规定债权确定的其他情形。