行政机关败诉后如何执行

视具体情况而定，如果人民法院判决确认违法或者无效的，同时判决责令被告采取补救措施，按照人民法院发生法律效力的判决、裁定在规定的时间内履行即可。
《中华人民共和国行政诉讼法》第九十四条当事人必须履行人民法院发生法律效力的判决、裁定、调解书。
第七十六条人民法院判决确认违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施;给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。