劳动合同补充协议有法律效力吗

有法律效力。
在双方自愿且符合劳动法要求的前提下，签订的补充协议，与劳动合同享有同等法律效力。也就是说，一旦双方签字认同，如果出现违约情况，另一方都可以用此为依据，向劳动监管部门申诉维权。
《中华人民共和国劳动法》第十六条　劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。建立劳动关系应当订立劳动合同。