补充合同金额超过主合同怎么办

主合同与补充合同冲突的，应当根据合同当事人的真实意思确认合同的效力。
补充协议是对主合同的补充或者变更，如果原合同没有明确约定不得变更，当事人在补充协议中约定了与主合同相冲突的条款，应当以补充条款为准。
法律依据：
《民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。