合同主体不同能签补充协议吗

可以。主要是合同当事人之间达成一致意见，可以补充约定。补充协议与原合同具有同样效力，是合同的一部分。如果补充协议与原协议约定不一致，可以视为对原合同的修改，补充协议签订后按补充协议约定内容确定权利义务关系。
《民法典》 第五百一十条规定：合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。