分公司撤销总公司不配合怎么办

可以去工商局说明情况，直接撤销该分公司。但因分公司是没有法人资格的，所以以分公司名义做出的经营后果总公司都需负责。
《中华人民共和国公司法》第十四条，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。