分公司负责人不配合注销怎么办

可以去工商局说明情况，直接撤销该分公司。但因分公司是没有法人资格的，所以以分公司名义做出的经营后果总公司都需负责。
《中华人民共和国公司登记管理条例》第四十九条，分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关准予注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。