签了宅基地使用权协议三年了是不是过了诉讼时效

不是的。　
宅基地使用权属于物权的一种，诉讼时效一般适用于债权，理论及司法实践上，普遍认为对物权不适用诉讼时效的规定。宅基地侵权属于侵犯物权的行为，应该不受诉讼时效的限制，不存在超过诉讼时效的问题。受害方可以随时向人民法院提起诉讼，但时间拖得越久，能搜集到的对自己有利的证据也就越少，因此，在当人发现自己的权益受损后，一般都会及时运用法律武器保护自己的合法权益的。
根据《民事诉讼法》第一百三十五条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。
第一百三十七条规定，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。但是，从权利被侵害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以延长诉讼时效期间。
第一百三十八条规定，超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。
第一百三十九条规定，在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
第一百四十条规定，诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
第一百四十一条规定，法律对诉讼时效另有规定的，依照法律规定。