被告分两次给原告房钱法院怎么办

如果是判决，赔偿款一般会打到法院的账户上，再通知当事人去领取。现在的法院一般采取转账的方式支付款项，但也有少数的法院使用支票。通过转账方式支付的一般直接转到当事人账户，很少转到委托代理人账户中。调解的情况下可约定转入的账户，可以是当事人的，可以是律师的，可以是当事人提供的其他人的账号。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十四条 执行管辖
发生法律效力的民事判决、裁定，以及刑事判决、裁定中的财产部分，由第一审人民法院或者与第一审人民法院同级的被执行的财产所在地人民法院执行。法律规定由人民法院执行的其他法律文书，由被执行人住所地或者被执行的财产所在地人民法院执行。