车牌被别人恶意涂改被查怎么办

根据我国道路交通安全法以及与其相关联的相关法律法规规定，车牌被他人恶意涂改，遭到检查处罚人员发现后，车主应当承担相应责任，接受相应处罚。车主不能以不知情、不是故意或者不是自己涂改为由辩解，责任仍有自己承担。
《中华人民共和国道路交通安全法》
第九十条机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。
第九十五条上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，未放置检验合格标志、保险标志，或者未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应当扣留机动车，通知当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续，并可以依照本法第九十条的规定予以处罚。当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续的，应当及时退还机动车。故意遮挡、污损或者不按规定安装机动车号牌的，依照本法第九十条的规定予以处罚。