单位扣加班费合法吗

不合法的。加班是要给付加班费的，国家规定加班费标准在法定节假日期间，用人单位安排劳动者工作的，应支付不低于劳动者工资的300%的工资报酬，并不得以调休、补休替代。如果是在休息日期间应支付不低于劳动者工资的200%的工资报酬。

法律依据：《劳动合同法》 第七十九条

发生劳动争议后，当事人应当先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。