病假扣工资合法吗

不合法。
根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》的规定：职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
由此可知，在病假期间劳动者还是可以领取到工资的，只是可能没有原来的工资那么多，但不能因此就认定为是被扣了工资。如果是在病假期间，用人单位直接扣除工资，属于违法行为，劳动者可以到当地的劳动部门投诉，如投诉还无法解决的，可以到当地的劳动仲裁委员会提起劳动仲裁。
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条 职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。