员工自动离职,公司可以扣工资吗

不可以。根据法律规定，用人单位应当按照合同约定及时足额支付工资，非法克扣工资或者拖延支付的，应承担相应责任。在员工不辞而别的情况下，劳动者已提供劳动部分对应报酬不应被剥夺。企业要及时了解、确认员工离职的真实原因。单位在员工不辞而别的情况下，应积极履行通知解除劳动关系的程序，以避免可能发生的争议和风险。
如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到服务期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的，公司可以要求员工赔偿损失。
【法律依据】
《劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。