劳动合同可以扣除休息日工资吗

不可以。依据我国相关法律规定，劳动者是有休息时间的，在法定的休息时间内，是计算劳动报酬的，用人单位不得扣除休息日的工资。
《中华人民共和国劳动法》
第三十六条国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十八条用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
第五十一条劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。