疫情期间被隔离公司以年假抵扣是否合法

不合法。但也要具体情况具体分析，如果是被隔离治疗，请病假的时间累计超过两个月的话，那么职工本人就不能再享有当年的年休假了。但是外来务工人员被隔离的，年假不应该受到任何影响。
《人力资源社会保障部办公厅关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》第一条 对新型冠状病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接触者在其隔离治疗期间或医学观察期间以及因政府实施隔离措施或采取其他紧急措施导致不能提供正常劳动的企业职工，企业应当支付职工在此期间的工作报酬，并不得依据劳动合同法第四十条、四十一条与职工解除劳动合同。在此期间，劳动合同到期的，分别顺延至职工医疗期期满、医学观察期期满、隔离期期满或者政府采取的紧急措施结束。
《民法典》第一百八十条 因不可抗力不能履行民事义务的,不承担民事责任。法律另有规定的,依照其规定。
不可抗力是不能预见、不能避免且不能克服的客观情况。