总包抵扣分包发票流程

分包人应先按照分包营业额在工程所在地申报纳税，由当地税务机关开具分包发票给分包人。总包人再持分包合同、分包发票等资料在工程所在地按照总包取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额申报纳税，经税务机关审核批准后，可以开具总包发票。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》第三条，税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。 任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。