补充协议与原合同冲突该怎么办？

应当以补充协议为准。
1、当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。
所以，补充合同的效力优于主合同的效力。
2、时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。
如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
法律依据：
《民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。