旅行社系无证经营如何处理

根据我国《旅游法》第二十八条的规定，设立旅行社，招徕、组织、接待旅游者，为其提供旅游服务，应当取得旅游主管部门的许可，依法办理工商登记。
因此可知，旅行社在未取得经营许可证的情况下从事组织旅游的业务，是违反法律规定的。
对此，我国《旅游法》第九十五条明确规定，违反本法规定，未经许可经营旅行社业务的，由旅游主管部门或者工商行政管理部门责令改正，没收违法所得，并处一万元以上十万元以下罚款；
违法所得十万元以上的，并处违法所得一倍以上五倍以下罚款；对有关责任人员，处二千元以上二万元以下罚款。
因此，旅游主管部门将针对无证经营的旅行社违法所得数额，施以不同程度的处罚。