可以让分公司开票总公司抵税吗

不可以的。分公司开的发票就应当分公司入账核算，各自核算绝对不能抵扣他人进项税额。分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。
法律依据：
《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。 公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。