合伙协议和公司章程起冲突时该如何适用

先有合伙协议，再有公司章程。公司章程是有备案的，在工商局可以对外查询。而合伙协议是内部协议，不可对外披露。合伙协议和公司章程起冲突的解决办法是：
(一)如果合伙协议在前面，公司章程在后面，毋庸置疑，后面的肯定优先于前面的，因为有登记的协议的效力肯定优于没有登记的，有备案的优先使用。
(二)如果公司章程已经交上去了，后来又做了一个合伙协议，这种情况下按照生效时间前后来解决。
【法律依据】
《合伙企业法》第四条规定，合伙协议依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立。