二手房未下证协议付款安全吗

这种情况从理论上说是没有问题的，解释为：原房主买了房子没有住，维修基金和契税已经交给开发商，正在等着下证。
《物权法》：
第十五条当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。
第十六条不动产登记簿是物权归属和内容的根据。不动产登记簿由登记机构管理。
第十七条不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。