房屋逾期办理初始产权能重复计算违约金吗

需要重复计算。
合同分别约定逾期办理初始产权及分户产权登记的违约责任，办理初始产权登记及分户产权登记成为两个独立的合同标的。同一事实违反了不同的合同条款，侵害不同的合同标的，合同明确约定分别计算的，应当予以支持。且逾期办理初始产权登记并不当然导致逾期办理分户产权登记，该两项违约责任并非是同一违约行为所产生的不同违约后果。
因此，分别约定初始产权及分户产权登记逾期办理违约责任的条款法院予以支持。
【法律依据】
根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第18条规定：由于出卖人的原因，买受人在下列期限届满未能取得房屋权属证书的，除当事人有特殊约定外，出卖人应当承担违约责任：
(一)商品房买卖合同约定的办理房屋所有权登记的期限;
(二)商品房买卖合同的标的物为尚未建成房屋的，自房屋交付使用之日起90日;
(三)商品房买卖合同的标的物为已竣工房屋的，自合同订立之日起90日。