小产权房购房协议丢失怎么办

处理方法是：
一、在购房合同没有做预售登记前，遗失合同，只需将剩余的合同作废，和开发商再次签订一份合同。
二、在购房合同做完预售登记，遗失合同，可以在报纸上刊登表明合同作废，到三个月期满后，拿着报纸去做预售登记的机关申请注销所签订的合同，再与开发商签订一份合同。
《民法典》第二百零九条 不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。