偿还利息已超过本金合法吗

看情况而定。只要你贷款的期限够长，你贷款的利息就有可能会超过本金。而利息超过了本金也并不代表这就是违法的，因为违不违法主要还是得看贷款的利率是多少。
《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十六条 借贷双方约定的利率未超过年利率24%，出借人请求借款人按照约定的利率支付利息的，人民法院应予支持。 借贷双方约定的利率超过年利率36%，超过部分的利息约定无效。借款人请求出借人返还已支付的超过年利率36%部分的利息的，人民法院应予支持。