摩托车违章会扣分吗

会扣分。
现在都是两证合一,一本驾照不管是摩托车还是汽车违规都扣一本的分,摩托扣分就是扣得驾照分。 如果摩托车违章扣分了,不会影响考驾照,但是你买新汽车上牌时,如果摩托车的车主名字与你汽车的车主名字一致的话,就会影响上牌,要先把摩托车的违章消掉才行。
法律依据：《道路交通安全法》第八十九条
行人、乘车人、非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者五元以上五十元以下罚款；非机动车驾驶人拒绝接受罚款处罚的，可以扣留其非机动车。