与总公司签订劳动合同 在分公司工作

新员工入职到新的单位时候，需要签订劳动合同，劳动合同签了才保障自己的劳动关系的合法性，要是自己没有签订劳动合同，自己的权益就可能会受到公司的侵犯。《劳动合同法》中规定，当事人订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。

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分公司员工与总公司签订劳动合同怎么处理？

分公司没有法人主体资格，不可签劳动合同。你说的是子公司吧。
同子公司签劳动合同，应当先解除同总公司的劳动合同，并按劳动合同法第四十七条支付经济补偿。在总公司的工作年限和劳动合同签订次数不能在子公司计算。
如果是全资子公司，由总公司和子公司联合发个通知：总公司签的劳动合同继续履行，总公司签订的劳动合同次数可同子公司累加，总公司的工作年限可计算为子公司的连续工作年限，可以不支付补偿金。