夫妻离婚时两个孩子法院会怎么判

如果双方可以就孩子抚养协商一致，按照双方当事人的意思出具判决书或调解书;如果双方不能就孩子抚养协商一致，法院会按照一人抚养一个子女的原则进行判决;判决抚养的时候法院会参考孩子的年龄，性别等因素进行判决。

《民法典》第一千零八十五条 离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。

前款规定的协议或者判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或者判决原定数额的合理要求。