因家庭矛盾分居两年算自动离婚吗

不算。无论因为什么原因分居多久都不能自动离婚。
离婚的方式有两种，一种是夫妻双方协商一致，到民政局办理离婚手续；第二种是协商不成的，到法院起诉离婚。
法律规定因为感情不和分居满两年经调解无效的，应准予离婚。
【法律依据】根据《民法典》第1079条规定：有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：因感情不和分居满二年。