手写协议涂改还有效吗

视情况而定。当事人协商一致可以变更合同。也就是当事人协商一致的，可以对合同进行涂改，该涂改对当事人发生约束力，但是，未经双方同意而做的单方修改，该修改对合同相对方不发生效力。我们在这里讲的合同变更是狭义的，仅指合同内容的变更，不包括合同主体的变更，且合同变更必须针对有效的合同。协商一致是合同变更的必要条件、任何方都不得擅自变更合同。
《民法典》第五百四十三条 当事人协商一致，可以变更合同。