建设工程施工合同纠纷可以合并审理吗

可以。发包人在承包人提起的建设工程施工合同纠纷案件中，以建设工程质量不符合合同约定或者法律规定为由，就承包人支付违约金或者赔偿修理、返工、改建的合理费用等损失提出反诉的，人民法院可以合并审理。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第七条