专利合同纠纷如何处理

1.协商。未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决。
2.诉讼。专利纠纷当事人不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉。
3.专利管理部门调处。专利纠纷当事人也可以请求管理专利工作的部门处理。
法律依据：
《专利法》第六十条
未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。