合同与实际不符生效吗

生效。一般来说，只要当事人具有完全的民事行为能力，经过平等协商自愿达成赔偿协议，并且该协议不违反法律、法规的强制性规定、不损害公共利益的，该协议应该就是有效的。
《民法典》
第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第一百四十四条 无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
第一百四十六条 行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
第一百五十三 条违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效
第一百五十四 条行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。