总公司欠款不还分公司能还吗

可以。
《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》
第七十八条规定：被执行人为企业法人的分支机构不能清偿债务时，可以裁定企业法人为被执行人。企业法人直接经营管理的财产仍不能清偿债务的，人民法院可以裁定执行该企业法人其他分支机构的财产。若必须执行已被承包或租赁的企业法人分支机构的财产时，对承包人或承租人投入及应得的收益应依法保护。