分公司都是非独立核算吗

不是，非独立核算是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并依法经会计师事务所审计。
《中华人民共和国公司法》第一百六十四条规定：公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并依法经会计师事务所审计。财务会计报告应当依照法律、行政法规和国务院财政部门的规定制作。