工程合同纠纷案件拖欠工程款要如何处理

当发生建设工程款支付纠纷，当事人可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院，只要将起诉书提交人民法院，人民法院立案受理了，起诉程序就完成了。拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起三年内到法院起诉。
【法律依据】《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。