工程款超过两年怎么办

可以直接向人民法院起诉。向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。事实属实，法院会判决被告在一定期限内还工程款。如果执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院查封、扣押、冻结、拍卖、变卖被执行人应当履行义务部分的财产。
《中华人民共和国民事诉讼法》 第二百四十二条 被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。人民法院查询、扣押、冻结、划拨、变价的财产不得超出被执行人应当履行义务的范围。 人民法院决定扣押、冻结、划拨、变价财产，应当作出裁定，并发出协助执行通知书，有关单位必须办理。
第二百四十四条 被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权查封、扣押、冻结、拍卖、变卖被执行人应当履行义务部分的财产。但应当保留被执行人及其所扶养家属的生活必需品。 采取前款措施，人民法院应当作出裁定。